故事发生在1926年的纽约。当时，野鸡对魔术师的反抗达到了顶峰，玛丽卢(萨曼莎莫顿萨曼莎莫顿饰)领导的反魔术组织活动频繁。与此同时，大街小巷不时发生各种灾难和意外，以至于魔法世界的存在距离暴露只有一线之遥，整个魔法部都处于前所未有的紧张气氛中。就在这个节骨眼上，神奇的动物学家纽特(埃迪雷德梅恩埃迪雷德梅恩饰)来到了纽约，他周游世界研究神奇的魔法动物。他随身携带的魔法皮箱里装着他一路救助的几十只魔法动物，他的一举一动都在魔法部的前傲罗蒂娜(凯瑟琳沃特斯顿凯瑟琳沃特斯顿饰)的监督下。在一次事故中，雅各布(丹福勒丹福勒饰)误拿了纽特的手提箱，并释放了藏在手提箱里的神奇动物。为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎尼(艾莉森苏朵儿艾莉森苏朵儿饰)不得不踏上寻找神奇动物的旅程。